Afera Šuštar je postala razvpita po 6. novembru 2000, ko je bila takratnemu državnemu sekretarju na ministrstvu za gospodarske zadeve Borisu Šuštarju odvzeta prostost zaradi suma storitve kaznivega dejanja podkupnine.
Sojenje Šuštarju in še trem obtoženim (Stanislavu Droljcu, Boštjanu Šobi in Šuštarjevi ženi Rozani) se je najprej začelo na ljubljanskem okrožnem sodišču, na katerem je bil Šuštar obsojen na tri leta zapora, sedem milijonov tolarjev denarne kazni in dveletno prepoved opravljanja poklica, povezanega z upravljanjem s proračunskimi sredstvi. Višje sodišče je julija 2002 obsodbo razveljavilo, primer pa je bil dodeljen ljubljanskemu okrajnemu sodišču, kjer se je sojenje ponovno začelo 7. maja 2003.
Ljubljanska okrajna sodnica Dejana Fekonja je 9. decembra 2003 Šuštarja za obe očitani kaznivi dejanji, povezani z jemanjem podkupnine (prvo v povezavi s podjetjem Selda Pack, drugo s podjetjem Stilles) ponovno spoznala za krivega. Prisodili so mu dve leti in štiri mesece zaporne kazni, sedem milijonov tolarjev denarne kazni ter dve leti prepovedi opravljanja poklica, povezanega z upravljanjem s proračunskimi sredstvi. Vendar tudi po morebitni pravnomočnosti sodbe Šuštarju ne bo treba v zapor za dve leti in štiri mesece, saj se mu bo od te dobe odbilo obdobje, ko je bil že v priporu.
Stanislav Droljc je bil spoznan za krivega pomoči Šuštarju pri kaznivem dejanju jemanja podkupnine, prisodili so mu dve leti zaporne in pet milijonov denarne kazni. Boštjan Šoba in Rozana Šuštar pa bosta morala zaradi pomoči pri kaznivem dejanju jemanja podkupnine plačati vsak po tri milijone tolarjev denarne kazni. Sodba zaradi pritožb odvetnikov še ni pravnomočna.
Proti Borisu Šuštarju je sodnica Dejana Fekonja na okrožnem državnem tožilstvu v Ljubljani januarja 2004 vložila predlog za kazenski pregon zaradi kaznivega dejanja razžalitve po drugem odstavku 169. člena kazenskega zakonika. Šuštar je namreč po objavi sodbe medijem med drugim dejal, da lahko Fekonja čisti na straniščih, ne pa sodi. Na novinarski konferenci je pojasnil, da ko naj bi nekoč njegov odvetnik Aleksander Čeferin prišel do Fekonje in zahteval sodni spis njihove stranke, mu je Fekonja najprej odgovorila, da ne ve, kje je, nato pa dodala, da je zaradi nje lahko tudi na stranišču. "Jaz sem svoje izjave nadaljeval tam, kjer je začela ona. Če je moj sodni spis na stranišču, potem lahko tudi ona tam dela," je dejal Šuštar. Odvetnik Aleksander Čeferin zatrjuje, da mu sodnica ni nikoli rekla, da je zaradi nje spis lahko tudi na stranišču, in on tega ni rekel Šuštarju. "Gre torej za čisto izmišljotino," je zadevo komentiral Čeferin.
Boris in Rozana Šuštar ter Ana in Boštjan Šoba so na Ustavno sodišče vložili tudi zahtevek za presojo ustavnosti nekaterih določil kazenskega postopka. Ustavno sodišče je med drugim odločilo, da zakon o kazenskem postopku na neustaven način določa pogoje in postopek, po katerih lahko sodišče osumljenim oziroma obdolženim začasno prepove razpolaganje z njihovim premoženjem, dokler ni odločeno, ali jim bo premoženje tudi uradno odvzeto. Državni zbor mora v enem letu odpraviti vse pomanjkljivosti zakona.
