Kljub dobrim gospodarskim odnosom so številni incidenti med Kitajsko in Japonsko znova obudili boj za prevlado na azijski celini.
Odnosi med azijskima velesilama so se v zadnjih letih zelo ohladili. Japonski premier je Kitajsko zadnjič obiskal oktobra 2001, kitajskega predsednika pa na Japonskem niso gostili že od leta 1998.
Zadnji spor je bil povezan z japonskimi šolskimi učbeniki, v katerih so po mnenju Kitajske dogodki pred in med drugo svetovno vojno opisani zelo pristransko.
"Incident" v Nandžingu
V enem od učbenikov je pokol v Nandžingu leta 1937, kjer so japonski vojaki pobili med 250 in 300 tisoč Kitajcev, na številnih civilistih pa so preizkušali kemično in biološko orožje, opisan kot "incident". Podobno kritični so tudi Japonci, ki trdijo, da so kitajski šolski učbeniki protijaponsko nastrojeni.
Sporno svetišče
Kitajsko javnost so razburili tudi obiski nekdanjega japonskega premierja Džoničira Koizumija v tokijskem svetišču Jasukuni, ki je spomenik vsem japonskim žrtvam po letu 1853. Med njimi je tudi več obtoženih vojnih zločincev, ki so bili usmrčeni leta 1948, vključno z nekdanjim japonskim premierjem Hidekitom Todžom.
Spor zaradi otokov
Peking in Tokio sta že dolgo v sporu zaradi nenaseljenih otokov v Vzhodnokitajskem morju, ki jim Japonci pravijo Senkaku, Kitajci pa Djaodžu. Japonska si je leta 2005 prilastila svetilnik, ki ga je zgradila nacionalistična skupina na enem od otokov, Kitajska pa na območju vztrajno išče nahajališča nafte in zemeljskega plina, s tem pa krši japonsko ekonomsko območje.
Državi se še vedno nista dogovorili glede morske meje v Vzhodnokitajskem morju, kjer naj bi ležale zaloge nafte in zemeljskega plina. Obe državi si želita zagotoviti čim več naravnih virov, ki jih potrebujeta za vzdrževanje svojih gospodarstev.
Občasni incidenti na morju niso nič nenavadnega. Novembra 2004 je kitajska podmornica zaplula v južne japonske vode, šlo pa je za očiten taktični manever, s katerim je želela preizkusiti japonske varnostne sisteme. Japonska je zahtevala opravičilo in ga, ob zadoščenju, da varnostni sistem deluje, tudi dobila.
Kitajska grožnja
Decembra 2004 je Japonska v nacionalnem obrambnem programu Kitajsko uvrstila med države, ki predstavljajo grožnjo, marca 2006 pa se je Kitajska odzvala s precejšnjim povečanjem obrambnega proračuna.
Peking se počuti ogroženega tudi zaradi ambicij Tokia po pridobitvi stalnega sedeža v razširjenem Varnostnem svetu Združenih narodov.
Gospodarske vezi cvetijo
Kljub hladnim političnim odnosom gospodarske vezi med državama cvetijo. Kitajska je leta 2005 prevzela primat ZDA in postala največji trgovinski partner z Japonsko. Kitajska na Japonsko izvaža predvsem poceni blago, uvaža pa visokotehnološke izdelke.
Obe državi se zavzemata tudi za vzpostavitev vzhodnoazijske brezcarinske unije, ki bi poleg njiju vključevala države jugovzhodne Azije in Južno Korejo, in večje sodelovanje med regionalnimi centralnimi bankami.
Kljub odprtim vprašanjem je za resnejši konflikt med državama malo možnosti, vendar analitiki opozarjajo, da je določeno tveganje vedno prisotno.