Drnovšek je bil od maja 1989 do maja 1990 predsednik predsedstva nekdanje SFRJ. V obdobju osamosvajanja Slovenije pa je bil glavni pogajalec med slovenskim vodstvom ter vodstvom nekdanje Jugoslavije in vrhom Jugoslovanske ljudske armade. Julija 1991 se mu je uspelo dogovoriti za dokončen umik zvezne vojske iz Slovenije. Za izjemne zasluge pri obrambi svobode in suverenosti Slovenije je leta 1992 prejel najvišje državno odlikovanje zlati častni znak svobode Republike Slovenije.

Marca 1992 je postal predsednik Liberalno demokratske stranke Slovenije, ki se je na kongresu marca 1994 po združitvi z Demokratsko stranko Slovenije, Zelenimi Slovenije in Socialistično stranko Slovenije preoblikovala v Liberalno demokracijo Slovenije (LDS).

Aprila 1992 ga je državni zbor prvič izvolil za predsednika vlade. Po tistem je vlado vodil še trikrat. In postal je politični vzornik marsikoga iz poznejših generacij politikov. Ob 10. obletnici Drnovškove smrti so v stranki LDS zapisali, da je imel njihov dolgoletni predsednik "zaupanje med državljani, kakršnega ni imel za njim noben predsednik vlade".

Zadnji premierski mandat je nastopil leta 2000 in ga končal z odstopom leta 2002 po izvolitvi za predsednika republike. Umrl je 23. februarja 2008, po hudi bolezni, star 57 let.

Drnovškovo vlogo pri slovenski tranziciji izpostavila tudi aktualna predsednica

Aktualna predsednica republike Nataša Pirc Musar, ki je v sredo na pokopališču v Zagorju na Drnovškov grob simbolično položila vrtnico, je ob tem izpostavila njegovo držo in sporočila, da smo lahko "hvaležni, da je prav on vodil slovensko vlado v ključnih letih po osamosvojitvi, zagotovil politično stabilnost ter uspel Slovenijo popeljati v evroatlantske integracije, predvsem v Evropsko unijo in Nato". "Njegovi iskreni izrazi topline in človečnosti pa so vodilo tudi za moje delo," je misli o nekdanjem predsedniku strnila Pirc Musar.

Predsednica se je v dneh pred obletnico smrti v predsedniški palači srečala tudi s svojci pokojnega. Izrazili so željo, naj se državljanke in državljani spominu nanj namesto s polaganjem vencev poklonijo z darovanjem v štipendijski sklad dr. Janeza Drnovška, ki je odprt pri Zvezi prijateljev mladine Slovenije. Namenjen je srednješolcem iz socialno ogroženih družin.

Predvsem drugi del predsedniškega mandata je Drnovšek posvetil človekovim pravicam in ustanovil Gibanje za pravičnost in razvoj. Zadnji del njegovega življenja je zaznamoval tudi boj z rakom. Tudi to mnogi vidijo kot razlog, da se je proti koncu življenja predal duhovnosti in izdal tudi več knjig s tovrstno vsebino.