Vojaški organi Jugoslovanske ljudske armade (JLA) so 31. maja 1988, le dobro uro po aretaciji Janeza Janše, zaprli tudi podoficirja Ivana Borštnerja. V imenu vojaških preiskovalnih organov je nato Služba državne varnosti (SDV) 4. junija aretirala še novinarja Mladine Davida Tasića. Odgovorni urednik Mladine Franci Zavrl pa se je dober teden pozneje, da bi se izognil aretaciji, umaknil v psihiatrično bolnišnico.

Razlog za aretacijo Janše je bila najdba tajnega vojaškega dokumenta, ki so ga slovenski pripadniki Službe državne varnosti (SDV) konec aprila 1988 našli v računalniškem podjetju Mikroada, v katerem je bil Janša zaposlen. Na dokument so naleteli, ko so skušali ugotoviti, kako je prišla v javnost razprava Milana Kučana na 72. seji Centralnega komiteja Zveze komunistov Jugoslavije.

Aretacije so v Sloveniji sprožile val protestov in veliko vznemirjenje javnosti, saj se je zdelo, da je vojaški vrh začel zapirati kritike JLA-ja in nasilno posegati v slovensko politično življenje, o čemer se je že dolgo govorilo. Odbor za varstvo človekovih pravic je 21. junija na ljubljanskem Kongresnem trgu organiziral zborovanje v podporo zaprtim, ki se ga je udeležilo 30.000 ljudi.

Pred sodiščem 10.000 ljudi
Zgodovinar Peter Vodopivec v knjigi Slovenska novejša zgodovina 1848–1992 pojasnjuje, da se je do tedaj neenotna izobraženska opozicija poenotila okoli Odbora, ki je stal na čelu civilnodružbenega gibanja, "kakršnega v Sloveniji po drugi svetovni vojni še ni bilo". Do konca junija 1988 je Odbor podprlo več kot 60.000 individualnih podpisnikov in 400 organizacij.

Prvi dan sodnega procesa proti četverici, ki je potekal v srbohrvaščini, se je pred stavbo vojaškega sodišča na Roški cesti v Ljubljani zbralo nekaj deset ljudi. Devet dni pozneje, ko se je proces končal, pa jih je bilo pred sodiščem zbranih že več kot 10.000. Protestnikom so se pridružili tudi borci narodnoosvobodilne vojske, v cerkvah pa so za zaprte brali maše.

Zaporne kazni za četverico
Konec julija 1988 je senat vojaškega sodišča Borštnerja obsodil na štiri leta zapora, Janšo in Zavrla na poldrugo leto zapora, Tasića pa na pet mesecev. Sredi oktobra 1988 je Vrhovno vojaško sodišče v Beogradu potrdilo sodbo ljubljanskega vojaškega sodišča, Tasiču pa kazen zvišalo na deset mesecev zapora. Na začetku avgusta 1989 so pogojno izpustili Janšo, za njim pa še druge.

Množična mobilizacija podobno mislečih leta 1988 je pospešila demokratizacijo slovenske družbe in napovedovala začetek skorajšnjega konca tako sistema kot jugoslovanske države.

V Muzeju novejše zgodovine Slovenije je sicer od 8. maja na ogled fotografska razstava Argumentirano in civilizirano/1988, ki jo je muzej pripravil ob 30-letnici afere JBTZ.