Obtožujejo ga vodenja teroristične organizacije Džamaja Islamija, ki naj bi bila povezana s teroristično mrežo Al Kaida. Bašir je obtožen tudi vpletenosti v teroristična napada na Baliju in na hotel v Džakarti, ko je bilo ubitih 214 ljudi.

66-letnemu verskemu voditelju grozi smrtna kazen, sam pa vse obtožbe zanika. Pred sodiščem se je zbrala množica njegovih privržencev, ki je vzklikala: "Alah je vsemogoč." Bašir jih je ob prihodu pozdravil.