L'indagine di Guardia di Finanza e Polizia, coordinata dalla Procura di Catania che ha fatto scattare il sequestro preventivo dell'Aquarius, attualmente attraccata nel porto di Marsiglia, avrebbe accertato uno smaltimento illecito di rifiuti pericolosi a rischio infettivo, sanitari e non, scaricati in maniera indifferenziata nei porti italiani come se fossero rifiuti urbani. Questa l'accusa nei confronti della Ong Medici Senza Frontiere.

Per le accuse nei confronti di Medici senza frontiere riguardanti l'Aquarius, nel registro degli indagati sono finiti anche il Centro operativo di Amsterdam e quello di Bruxelles, oltre ad alcuni membri dell'organizzazione stessa. Sono complessivamente 24 gli indagati e secondo l'accusa i soggetti coinvolti avrebbero "sistematicamente condiviso, pianificato ed eseguito un progetto di illegale smaltimento di un ingente quantitativo di rifiuti pericolosi a rischio infettivo, sanitari e non" in 11 porti: Trapani, Pozzallo, Augusta, Catania e Messina in Sicilia, Vibo Valentia, Reggio Calabria e Corigliano Calabro in Calabria, Napoli e Salerno in Campania, Brindisi in Puglia.

Tra i rifiuti scaricati la procura rileva "gli indumenti contaminati indossati dagli extracomunitari", gli scarti alimentari ed i rifiuti sanitari infettivi.

La procura precisa inoltre che tra gennaio 2017 e maggio 2018 "non è stata mai dichiarata la presenza di rifiuti sanitari pericolosi a rischio infettivo" anche in presenza di "numerosi e documentati casi di malattie registrate dai vari Uffici di Sanità Marittima siciliani e del Sud-Italia intervenuti al momento dell'arrivo dei migranti nei porti italiani" durante i quali sono stati "rilevati 5.088 casi sanitari a rischio infettivo su 21.326 migranti sbarcati. Rifiuti pericolosi che sono stati scaricati in maniera indifferenziata nei porti italiani come se fossero rifiuti urbani.

Il Ministro dell'Interno, Matteo Salvini, sui social ha commentato così "ho fatto bene a bloccare le navi delle ONG, ho fermato non solo il traffico di immigrati ma da quanto emerge anche quello di rifiuti".

Medici senza frontiere invece "condanna con forza la decisione delle autorità giudiziarie italiane di sequestrare la nave Aquarius" e definisce la misura "sproporzionata e strumentale, tesa a criminalizzare per l'ennesima volta l'azione medico-umanitaria in mare".