Darko Muženič je funkcijo direktorja Nacionalnega preiskovalnega urada (NPU) prvič prevzel junija 2019, a je bil maja 2020 s tega položaja razrešen. Pozneje je uspel s tožbo na delovnem sodišču. Sodišče mu je leta 2021 priznalo vse pravice od maja 2020, ko je bil nezakonito razrešen, pa do decembra 2020, ko je policija dodatno razveljavila še njegovo imenovanje iz leta 2019. Direktor NPU-ja je Muženič znova postal julija 2022, ko ga je za to pooblastil tedanji v. d. generalnega direktorja policije Boštjan Lindav.

Direktorja NPU-ja namreč imenuje in razrešuje generalni direktor policije, pri čemer se za postopek uporabljajo določbe zakona, ki ureja sistem javnih uslužbencev, o imenovanju in razrešitvi direktorja organa v sestavi.

Z Generalne policijske uprave (GPU) so ob imenovanju Muženiča sporočili, da se generalni direktor policije Senad Jušić zaveda, da vedno obstajajo možnosti za povečanje učinkovitosti dela in motivacije zaposlenih, za kar Nacionalni preiskovalni urad (NPU) potrebuje tudi ustrezno kontinuiteto razvoja in dela, pa tudi vodenja.