V zgodovino slovenske osamosvojitve se je zapisal ne samo kot brat poznejšega predsednika Demosa Jožeta Pučnika, ampak že pred tem kot član skupine 25 poslancev, ki so jih leta 1971 prisilili, da so se umaknili s političnih položajev v tedanji skupščini

Bil je eden izmed ustanoviteljev Slovenske kmečke zveze, pozneje pa tudi Slovenske ljudske stranke in poslanec slovenske skupščine v obdobju osamosvajanja.

Med osamosvojitveno vojno je Ivan Pučnik kot predsednik skupščine občine Slovenska Bistrica modro vodil pogajanja s poveljnikom tamkajšnje vojašnice in preprečil spopade med slovensko teritorialno obrambo in jugoslovansko vojsko. Zaradi njegovih zaslug so mu v Slovenski Bistrici podelili tudi naziv častnega občana.