Španci so na 41,3 kilometra dolgi etapi v okolici Banyolesa za dve sekundi prehiteli BMC, tretji pa je bil Sky s 46 sekundami zaostanka.
Majico vodilnega bo v zelo razgibani tretji etapi med Matarojem in La Molino v Pirenejih nosil Španec Alejandro Valverde, potem ko so njegovega moštvenega kolega Joseja Rojasa, ki je sprva oblekel majico, kaznovali s tremi minutami kazni, ker je na vzponu med vožnjo na čas pomagal drugim kolesarjem svoje ekipe s porivanjem.
Nad tem so se pritoževali pri drugouvrščenem BMC-ju in četrtouvrščenem Trek-Segafredu, potem ko so to opazili na televizijskem posnetku. Kaznovana sta bila tudi Nelson Oliveira in Andrei Amador, ki sta dobila pomoč. Prvi z enominutno kaznijo, drugi pa z dveminutno kaznijo.

Brajkovič in Novak sta skupaj z moštvenimi kolegi za zmagovalci zaostala tri minute in 26 sekund.

Ekipni kronometer,                    
Pla de l'Estany-Banyoles, 41,3 km:    
  1. MOVISTAR                    48:55
  2. BMC RACING                  +0:02
  3. SKY                          0:46
  4. TREK-SEGAFREDO               1:15
  5. ORICA-SCOTT                  1:19
  6. FDJ                          1:44
 17. BAHRAIN-MERIDA               3:26
     (Brajkovič, Novak)               

Skupni vrstni red po 2. etapi:

  1. A. VALVERDE     ŠPA       5:17:16
  2. R. FERNANDEZ    ŠPA              
  3. I. ERVITI       ŠPA           vsi
  4. M. SOLER        ŠPA          isti
  5. J. CASTROVIEJO  ŠPA           čas
 ...                                  
108. J. BRAJKOVIČ    SLO         +3:26
110. D. NOVAK        SLO      isti čas