Južna Amerika v 18. stoletju. Dve veliki kolonialni sili tekmujeta za prevzgojo avtohtonih prebivalcev.

Imperialisti si jih želijo podjarmiti kot sužnje in poceni delovno silo.

Na drugi strani so krščanski jezuiti, ki jih želijo pokristjaniti in s tem doseči njihovo sožitje s kolonialisti.

Bivši trgovec s sužnji Rodrigo Mendoza (De Niro) se v iskanju odrešitve po uboju brata pridruži jezuitski skupini, ki jo vodi oče Gabriel (Irons).

Njuno miroljubno misijo ogrozijo kolonialni oblastniki, ki želijo v kali zatreti idejo o harmoniji med Španci, Portugalci in domorodci.

Mendoza in Gabriel se znajdeta na različnih bregovih glede vprašanja, kako ubraniti misijo: prvi je za oborožen boj proti kolonialistom, drugi verjame v moč molitve in pasivnega odpora.