Magajna je sicer poslanec državnega zbora v poslanski skupini SD-ja. Politična kariera Andreja Magajne je dolga. Bil je član prdsedstva Demosa ter poslanec prvega mandata v prvi večstrankarski skupščini.

Postal je prvi voodja poslanske skupine SDSS-a in podpredsednik stranke, po razhodu z Jožetom Pučnikom pa je deloval kot samostojni poslanec. Leta 1991 je bil soustanovitelj in glavni tajnik Stranke krščanskih socialistov, ki je delovala do leta 1994. Je soustanovitelj in predsednik Društva za nezaposlene Slovenije.

Sicer deluje na področjih socialne politike, zaposlovana in poklicne orientacije, volilne zakonodaje in zakonodaje, ki ureja položaj verskih skupnosti.