Trontelj, ki je svojo zdravniško kariero posvetil klinični nevrofiziologiji, je bil leta 1991 izvoljen v Slovensko akademijo znanosti in umetnosti, leta 2002 za podpredsednika in nato leta 2008 za predsednika SAZU-ja. Od leta 1995 je predsedoval Komisiji RS za medicinsko etiko in je bil slovenski delegat v Usmerjevalnem odboru za bioetiko Sveta Evrope.

Med iskalci prave poti etike v medicini
Sodeloval je pri izdelavi Konvencije o varstvu človekovih pravic in dostojanstva človeškega bitja v zvezi z uporabo biologije in medicine in njenih dodatnih protokolov, še posebno protokola o etiki biomedicinskega raziskovanja na ljudeh.

Trontelj je tako tudi soavtor Vodnika članom komisij za etično ocenjevanje raziskav, ki ga je izdal Svet Evrope. Veliko je objavljal o vprašanjih na področju bioetike, med drugim o problemih zdravniškega odločanja ob koncu življenja in raziskovanja na človeku, pa tudi o vlogi podajanja vrednot v šolski vzgoji in izobraževanju.

Od 2005 do 2008 je bil član Strateškega sveta Vlade RS za kulturo, izobraževanje in znanost. Od 1995 do 2000 je bil predsednik Komisije RS za Zoisove nagrade in priznanja. Med letoma 1996 in 2001 je bil član Zdravstvenega sveta RS, med letoma 1996 in 1998 pa predsednik Sveta za raziskave v medicini.

Od 2010 je bil član Stalnega odbora za znanost in etiko pri ALLEA (All European Academies). Generalni sekretar Unesca ga je 2010 imenoval za člana Mednarodnega odbora za bioetiko (IBC) v zasebnem svojstvu.

Številna priznanja stroke
Za svoje raziskave je prejel dve nagradi Sklada Borisa Kidriča (1974 in 1980), Kidričevo nagrado za vrhunske dosežke (1989) in priznanje ambasador Republike Slovenije v znanosti (2003). Za delo na področjih znanosti in etike je prejel državno odlikovanje zlati red za zasluge (2009), piše na spletni strani SAZU-ja.