Ker so v postopku nastali tudi stroški za delo sodišča, so morali obsojeni plačati sodno takso - za prvo stopnjo so ti stroški skupaj znašali 595 evrov, za postopek na drugi stopnji pa 892 evrov.

Za Janšo je znesek plačala Odvetniška družba Matoz, in sicer 28. julija, Krkovič pa je znesek poravnal 8. avgusta, so sporočili z Okrajnega sodišča v Ljubljani. Takrat sta obsojenca plačala tudi denarno kazen, saj je sodišče vsakemu od treh obsojenih poleg zapornih izreklo tudi po za 37.000 evrov denarnih kazni.

Odmera sodnih stroškov za Janšo in Krkoviča še ni pravnomočna
Tudi tretji obsojeni v zadevi Patria, Ivan Črnkovič, je sodno takso že poravnal, edini pa je sodišče zaprosil za obročno odplačevanje dosojene kazni. Črnkovič je sodišču že nakazal tudi 5.268,96 evra, kolikor znašajo njegovi stroški kazenskega postopka. Janša in Krkovič sta se zoper svoji odmeri stroškov pritožila, zato v njunem primeru ti še nista pravnomočni.

Skupni stroški kazenskega postopka, to so stroški za tolmače in priče, znašajo več kot 25.700 evrov, ta znesek pa se, glede na to, da sta bila na zatožni klopi tudi zdaj že pokojni Jože Zagožen in pobegli Walter Wolf, deli na petine.