Leta 1988 je za trenerja imenoval legendarnega Johana Cruyffa. Nunez je bil prvi mož Barcelone med letoma 1978 in 2000.

Z imenovanjem Cruyffa za trenerja se je začela prenova katalonskega velikana in pot k novim uspehom. Pod vodstvom Nizozemca je Barcelona osvojila štiri zaporedne naslove v Primeri division in prvi naslov evropskega prvakal leta 1992. V finalu takratnega Pokala državnih prvakov je na Wembleyju premagala Sampdorio Srečka Katanca z 1:0. Odločil je Ronald Koeman s prostega strela v podaljšku.

Nunez je leta 1979 vzpostavil mladinsko akademijo La Masio, kjer so se med drugim nogometno izoblikovali Lionel Messi, Andres Iniesta, Xavi, Carles Puyol in Pep Guardiola.