Papež se je znašel pod plazom kritik potem, ko je med obiskom v Braziliji dejal, da je katoliška Cerkev očistila Indijance in jim ni vsiljevala krščanstva. Po njegovih besedah so Indijanci pozdravili prihod evropskih misijonarjev, saj so v sebi hrepeneli po krščanstvu.

Nekateri voditelji, med njimi venezuelski predsednik Hugo Chavez, so od papeža zahtevali opravičilo, česar pa niso dočakali. Papež je dejal, da spomini na veličastno preteklost ne smejo prezreti sence, ki je spremljala evangelizacijo v Latinski Ameriki. "Dejstvo je, da ni mogoče pozabiti trpljenja in krivic, ki so jih kolonizatorji povzročili staroselcem, katerih človekove in osnovne pravice so bile pogosto poteptane," je še dejal papež.

Med evropsko kolonizacijo Amerike je zaradi suženjstva, bolezni in lakote umrlo na milijone staroselcev.