32-letni Agüero je prispel v Barcelono in opravil zdravniški pregled pred podpisom pogodbe. V pogodbi ima odkupno klavzulo v višini 100 milijonov evrov.

Med letoma 2006 in 2011 se je dokazal v dresu madridskega Atletica. Sledil je prestop k Manchester Cityju, ki je zanj odštel 35 milijonov britanskih funtov.

Že v prvi sezoni je dosegel najpomembnejši zadetek v karieri. V zadnjem krogu Premier lige je 13. maja 2012 zagotovil Manchester Cityju prvi naslov prvaka po letu 1968. Še v 90. minuti je njegov klub proti Queens Park Rangersom zaostajal z 1:2, nato je Edin Džeko izenačil, v 94. minuti pa je Agüero z desne strani potisnil žogo v mrežo za najslajši naslov v zgodovini kluba. Mestni tekmec United je ostal praznih rok.

Že novembra 2017 je postal najboljši strelec v zgodovini Cityja. V sezoni 2014/15 je bil s 26 goli najboljši strelec angleškega prvenstva. Na večni lestvici strelcev Premier lige je na četrtem mestu. Več golov so dosegli le Alan Shearer (260), Wayne Rooney (208) in Andy Cole (187).

V Barceloni ga čaka nov izziv. Katalonci so špansko prvenstvo končali na tretjem mestu, v Ligi prvakov pa so izpadli že v osmini finala.