Kot eden največjih poznavalcev velikih zveri v Sloveniji se raziskovalno ukvarja predvsem z ekologijo in upravljanjem velikih zveri v Evropi in Afriki. V svojem znanstvenem delu se osredotoča na evrazijskega risa, leoparda, snežnega leoparda, rjavega medveda, volka in zlatega šakala. Raziskovalno pozornost med drugim namenja tudi razumevanju in reševanju konfliktov med velikimi zvermi in ljudmi, hkrati pa ga zanima, kako ohraniti zveri kot pomemben del ekosistema.

Živi na Menišiji, planoti med Vrhniko in Cerknico, kjer je veliko priložnosti za srečanja z velikimi zvermi. Pravi, da je območje Menišije zanj dober kompromis. Ni predaleč od Ljubljane, hkrati pa je to Ljubljani najbližje območje, kjer so že pravi dinarski gozdovi, za katere je značilna biotska pestrost in kjer živijo tudi velike zveri. To, da lahko ponoči v svoji postelji posluša tuljenje volkov, je zanj privilegij.

Srečanj z medvedi ne šteje več
Doslej pri srečanjih z medvedi in drugimi velikimi zvermi ni imel slabih izkušenj. Verjetno je k temu pripomoglo tudi strokovno znanje, saj živali in predvsem njihovo vedenje dobro pozna, zato zna ob srečanjih z njimi ustrezno ravnati. Prepričan je tudi, da imamo o srečanjih z velikimi zvermi tako v Sloveniji kot drugje kar nekaj zmotnih prepričanj. Marsikdaj si predstavljamo, da v Afriki srečanje z levom na štiri oči pomeni zanesljivo smrt. Pa to seveda ne drži. Podobno je pri nas, ko gre za srečanje človeka z medvedom. Verjetno je teh srečanj na tisoče, a se jih ljudje ne zavedamo.

Vsako leto se zgodita približno dva napada medveda, ki se končata s poškodbami človeka. Tovrstni napadi so običajno medijsko zelo poudarjeni in zato nimamo prave predstave, kakšna je verjetnost, da bi nas medved v gozdu tudi zares napadel.

Po socialnem ustroju so volkovi podobni ljudem
Socialni ustroj pri volkovih je bistveno zapletenejši kot pri risih ali medvedih, zato je volkove kot živalsko vrsto težje razumeti in preučevati, hkrati pa je prav ta skrivnostnost za raziskovalca največji izziv. Miha Krofel kot raziskovalec čuti tudi odgovornost do širše družbe in eno temeljnih vprašanj je, kako omiliti konflikte med ljudmi in velikimi zvermi.
Volkovi največ škode povzročajo med domačimi živalmi, a z raziskavami preteklih let so ugotovili, da odstreli na to niso vplivali, s kolegi z Zavoda za gozdove pa jim je na podlagi novih spoznanj in metod skupaj z rejci uspelo temeljito zmanjšati škodo, in to kljub povečevanju volčje populacije.

Risom se obetajo boljši časi
Izrazit upad populacije že nekaj časa opažajo pri naših risih in bi v določenem obdobju lahko spet pričakovali njihovo popolno izumrtje. Risi so namreč edine od velikih zveri, ki so bile v preteklosti pri nas že popolnoma iztrebljene. Zato so se leta 1973 v napredno razmišljujočih lovskih krogih odločili, da risa znova pripeljejo v Slovenijo. Risi, ki so jih takrat naselili, so se pozneje sicer razširili v sosednje države, vendar populacija nikoli ni prišla v stik s katero od sosednjih, zato je ostala povsem izolirana. Vsi risi od Avstrije do Bosne so tako potomci le šestih živali. Parili so se tudi v sorodstvu, kar je povzročilo hude zdravstvene posledice in ponovno izginjanje populacije.

Danes je popolnoma jasno, da ohranitev risje populacije lahko zagotovimo le tako, da našim risom omogočimo parjenje z risi, ki z njimi niso v sorodu. Prav zdaj je v teku projekt, v sklopu katerega bodo priselili rise karpatske populacije iz Slovaške in Romunije.

Prihodnost velikih zveri
Prihodnost velikih zveri je odvisna od človeka. Če sodimo po odnosu, ki ga imajo ljudje do živali v zadnjih desetletjih, lahko sklepamo, da so ljudje vedno bolj naklonjeni živalim, in to ne le v mestnih okoljih, kjer z živalmi nimajo neposrednega stika. Čedalje prijaznejši odnos je zaznati tudi na podeželju, kjer ljudje z velikimi zvermi sobivajo.