Ovaden naj bi bil tudi njegov namestnik Gorazd Urbanija. Oba naj bi bila osumljena zlorabe uradnega položaja. Kovač naj bi si od leta 2000 do leta 2002 neupravičeno izplačal za približno sedem milijonov tolarjev potnih stroškov. V devetih mesecih naj bi Kovač prevozil 53.000 km, s tem, da je stanoval v Ljubljani. To mu je na mesec navrglo približno 300.000 tolarjev. Urbanija, ki je svojemu šefu podpisoval potne naloge protim pravilom, je sedaj nad njim razočaran, ker ga je povlekel v nečedne posle.

Ker je Kovač trenutno v službi na zunanjem ministrstvu, diciplinski postopek ni mogoč. Kovač pa lahko do pravnomočne obsodbe, če bo do nje prišlo, še naprej dela v Bruslju. Tožilstvo mora o utemeljenosti ovadbe odločiti v treh mesecih.