Mašo zadušnico ob somaševanju škofov in duhovnikov je daroval kardinal Franc Rode, pogrebni obred pa je vodil ljubljanski metropolit in nadškof Alojz Uran. Pokojnika so v soboto prepeljali v stolno cerkev, kjer je tudi pokopan. Od njega so se poslovili številni Slovenci.

Kardinal Franc Rode se je v nagovoru Šuštarju zahvalil za "zvesto službo na čelu ljubljanske nadškofije in Cerkve na Slovenskem, zgled dobrega pastirja, brezpogojno vdanost resnici evangelija in plemenito držo Slovenca in državljana".

V imenu vlade je sožalje izrekel premier Janez Janša. Šuštarja je ocenil kot "veliko moralno in duhovno oporno točko" ter simbol dobrote in modrosti.

"Moč osebnosti se pokaže v času preizkušenj," je v nagovoru poudaril evroposlanec Lojze Peterle in spomnil, da si je Šuštar prizadeval za človekove pravice in samostojno slovensko državo pa tudi za strpnost in sožitje v družbi. "Nikoli ni pozabil na malega človeka in človeka v stiski."

Žalna seja v spomin na častnega občana Ljubljane
Spomin na Alojzija Šuštarja, ki je leta 1998 postal tudi častni občan mesta Ljubljane, je z žalno sejo počastil ljubljanski mestni svet. Na seji, ki jo je vodil ljubljanski župan Zoran Janković, so se zbrali pokojnikovi najožji svojci, nekdanji župani in županje, častni meščani in meščanke, kardinal Franc Rode, zdajšnji ljubljanski nadškof in metropolit Alojz Uran in nekateri drugi visoki cerkveni dostojanstveniki.

Po Šuštarju bo poimenovana ulica ali trg
Janković je v nagovoru zbranim povedal, da je Šuštar vse svoje življenje posvetil poklicu v Cerkvi in skrbi za narod ter da je njegov prispevek k demokratizaciji in osamosvajanju neprecenljiv. Ob tem je predlagal, da bi po njem poimenovali eno izmed mestnih ulic ali enega izmed trgov.

Oporoka Alojzija Šuštarja
Pokojni nadškof je v oporoki med drugim zapisal: "/.../ prosim odpuščanja vse, ki sem jih kdaj razžalil, jim kaj hudega storil, jim dal pohujšanje ali jih kako drugače prizadel. Sam nimam nikomur ničesar odpuščati, ker ne vem, da bi mi kdo storil kaj hudega in do nikogar ne čutim zagrenjenosti".

Sožalne brzojavke ob Šuštarjevi smrti
Sožalje ob smrti so med drugim izrazili beograjski nadškof in metropolit Stanislav Hočevar, skopski škof in apostolski eksarh Kiro Stojanov, požeški škof Antun Škvorčević, koprski škof Metod Pirih, mariborski nadškof dr. Franc Kramberger, novomeški škof Andrej Glavan, murskosoboški škof dr. Marjan Turnšek, celjski škof dr. Anton Stres, apostolski nuncij v Ukrajini dr. Ivan Jurkovič in Aldo Giordani, generalni tajnik CCEE-ja, Zveza slovenskih izseljenskih duhovnikov in drugi.

Šuštar je bil tretji slovenski metropolit in si je stalno prizadeval, da bi bila Cerkev navzoča tudi v javnem življenju. Ob njegovi smrti so številni predstavniki države poudarili njegovo vlogo pri osamosvajanju Slovenije.