Prvi odhod državnega sekretarja je to vlado doletel manj kot dva tedna po nastopu. Slavko Ziherl je z mesta državnega sekretarja na ministrstvu za zdravje odstopil, še preden je začel delati. Ziherla je zmotilo predvsem Pahorjevo imenovanje nekdanjega ministra za zunanje zadeve Dimitrija Rupla za svojega svetovalca. V pismu premierju je zapisal, da je z imenovanjem Rupla Pahor zanikal svoja prizadevanja za spremembe v načinu vodenja Slovenije in vnesel dvom med svoje volivce.

Državna sekretarka na ministrstvu za finance Helena Kamnar je želela oditi že aprila lani. Vzroka naj bi bila težavno sodelovanje z ministrom za finance Francetom Križaničem in popoln kaos na ministrstvu. Premier Borut Pahor jo je prepričal, da ostane, nagrajena pa je bila s tem, da jo je vlada marca postavila za naslednico generalnega sekretarja vlade Milana M. Cvikla, ki odhaja na Evropsko računsko sodišče v Luksemburg.

Septembra lani je ministrstvo za javno upravo zapustil državni sekretar Branko Lobnikar. Tudi pri njegovem odhodu naj bi šlo za nerazumevanje z ministrico za javno upravo Irmo Pavlinič Krebs, kar so na ministrstvu sicer zanikali, pa tudi za morebitno Lobnikarjevo kandidatura za župana Celja.

Ko je decembra lani službo vlade za lokalno samupravo zaradi zdravstvenih težav zapustila Zlata Ploštajner, je sledil tudi odhod državne sekretarke Mete Vesel Valentinčič. Njen odhod sicer ni bil povezan s prihodom novega ministra Henrika Gjerkeša, ampak naj bi jo "vleklo nazaj v zdravstvo".

Zaradi trenj glede falcona (skoraj) odšel Krek
Februarja letos je svoj odstop domnevno zaradi nesoglasji z ministrico Ljubico Jelušič napovedal tudi državni sekretar na ministrstvu za obrambo Uroš Krek. Spor naj bi nastal zaradi vladnega letala falcon - Krek je namreč vodil delovno skupino za reševanje tega vprašanja. Krek naj bi bil nezadovoljen tudi zaradi tega, ker naj bi na eni izmed sej vlade premier Pahor kritiziral počasno reševanje problematike, poleg tega pa naj bi ga zmotilo tudi poseganje načelnika generalštaba Slovenske vojske Alojza Šteinerja na področja, ki so v pristojnosti upravnega dela ministrstva, pri čemer naj bi imel tudi neomajno podporo Jelušičeve.

Krek je ob napovedi svoje odpovedi povedal, da se je za to odločil, ker je naredil oceno lastnega dela v enem letu in spoznal, da so bila pričakovanja večja od tega, kar je dejansko uresničil. S Krekom se je nato sestal premier Pahor, ki ga je prepričal, da ostane in dokonča začetne projekte. Pri tem je Pahor poudaril, da ni šlo za osebne spore.

Sonja Bukovec odšla zaradi afere Baričevič
Skupaj z Milanom Pogačnikom je ministrstvo za kmetijstvo zapustila tudi državna sekretarka Sonja Bukovec. Pahor je njen odstop (ki je vezan na mandat ministra), predvsem zaradi njene vpletenosti v afero Baričevič, sprejel. Dejal je, da bi morala o obisku svoje prijateljice Dee Baričevič na dan smrti Saše Baričeviča premisliti, da s tem spravlja pod vprašaj svojo verodostojnost, verodostojnost ministra in celo njega kot premierja. Odstop Bukovčeve so sicer zahtevali tudi v SDS-u.

Klemenčič zanika morebiten odhod
Zadnje čase pa se, kot že omenjeno, govori tudi o odhodu Gorana Klemenčiča z ministrstva za notranje zadeve. Po nekaterih informacijah naj bi bila razlog za odhod, ki ga je Klemenčič sicer že nekajkrat zanikal, nesoglasja z ministrico za notranje zadeve Katarino Kresal, drugi viri pa pravijo, da naj bi Klemenčič odstopil predvsem zaradi Pahorjeve omahljivosti glede preseganja pristojnosti generalne državne tožilke Barbare Brezigar, na kar naj bi neuspešno opozarjal Pahorja, piše Delo.