Vlada je Kotnika razrešila na podlagi predloga sveta agencije za civilno letalstvo, ki je v sredo obravnaval ugotovitve ministrstva za infrastrukturo in prostor, ki je opravilo nadzor nad zakonitostjo, učinkovitostjo in uspešnostjo dela agencije, ter ugotovitve Komisije za preprečevanje korupcije. Kotnika so tudi sumili negospodarnega in nevestnega ravnanja.

Da bo agencija lahko nemoteno delovala, je vlada za vršilca dolžnosti direktorja od petka naprej imenovala Mirka Komaca, zdajšnjega vodjo sektorja za regulativo in mednarodne standarde v direktoratu za promet pri ministrstvu za infrastrukturo in prostor, ki je seznanjen s področjem dela agencije. Ta bo lahko na čelu agencije najdlje šest mesecev.

KPK že junija opozarjal na neučinkovito delo agencije
Komisija za preprečevanje korupcije je že junija Kotniku očitala, da agencija pod njegovim vodstvom ne izvaja učinkovitega nadzora varnosti v zračnem prometu, je poročalo Delo. Zaradi te neustreznosti bi komisija državnemu pravobranilstvu lahko celo predlagala, da je Kotnik kot direktor agencije odškodninsko odgovoren za balonarsko nesrečo na Barju. Kotnik je sicer očitke zavrnil z oceno, da so namenjeni zgolj blatenju agencije.

Komisija pa je pregledovala tudi poslovanje Kotnikovega nekdanjega podjetja Cetis IT s Kotrolo zračnega prometa. Očita pa mu tudi mobing nad sodelavci, ki so opozarjali na nepravilnosti v agenciji.