Po trditvah biografov se je rodil 4. avgusta leta 1929 v Kairu kot Mohamed Abdel Rahman Abdel Rauf Arafat Al Kuda Al Huseini. Sam trdi, da je bil rojen 24. avgusta v Jeruzalemu.

Leta 1948, ko je bil na Bližnjem vzhodu ustanovljen Izrael, se je Arafat udeležil bojev med Judi in Arabci. Vojna je razdelila Palestino, na stotisoče Palestincev pa je postalo beguncev.

Ustanovitelj gibanja Fatah
Kot študent v Kairu, kjer je preživel večji del mladosti, se je pridružil Muslimanski bratovščini, islamski politični organizaciji v Egiptu. Leta 1956 je med sueško
krizo služil vojaški rok v egiptovski vojski. Tedaj je egiptovski predsednik Abdel Naser nacionaliziral sueški prekop, na to pa so se odzvali Izrael, Velika Britanija in Francija z vojaško silo. ZDA so tedaj podprle Egipt, kar je pripomoglo k politični zmagi Naserja.

Arafat se je nato preselil v Kuvajt, kjer je delal kot gradbeni inženir. Tam je sodeloval pri ustanovitvi palestinskega gibanja Fatah, katerega cilj je neodvisna palestinska država.

Leta 1965 je gibanje Fatah začelo slabo oborožene vdore na izraelsko ozemlje, imenovane Al Asifa (nevihta).

Mednarodno priznanje PLO-ja
Po šestdnevni vojni leta 1967, v kateri se je Izrael boril z Egiptom, Sirijo in Jordanijo, si je Izrael priboril nadzor nad Golanskim višavjem, območjem Gaze, vzhodnim Jeruzalemom in Zahodnim bregom. Po tistem so glavna tarča izraelske vojske postale palestinske skrajne skupine.

Arafata so leta 1969 imenovali za voditelja Palestinske osvobodilne organizacije (PLO), leta 1973 pa je prevzel vodenje političnega krila PLO-ja. Leta 1974 je Arafat kot vodja PLO-ja nastopil pred Združenimi narodi, ki so PLO-ju podelili status opazovalca.

Izrael je leta 1982 napadel Libanon, kjer je bil tedaj sedež PLO-ja, zato je Arafat pobegnil v Tunizijo.

Čeprav je mednarodna javnost Arafata v devetdesetih poznala predvsem kot mirovnika, pa se ga marsikateri Izraelec spominja kot strah vzbujajočega vodjo skrajnežev PLO-ja, ko so v sedemdesetih in osemdesetih letih izvedli vrsto terorističnih napadov.

Prva intifada
Leta 1987 so Palestinci na Zahodnem bregu in območju Gaze začeli prvo intifado, naslednje leto pa je Arafat z deklaracijo razglasil neodvisno palestinsko državo. Leta 1990 je podprl iraško invazijo na Kuvajt, ki jo je vodil tedanji iraški predsednik Sadam Husein.

Nobelovec za mir
Leta 1991 je v Madridu potekala bližnjevzhodna mirovna konferenca pod pokroviteljstvom ZDA in Rusije, leta 1993 pa sta si na zgodovinskem srečanju v Beli hiši segla v roke Jaser Arafat in izraelski premier Jicak Rabin.

Leto zatem se je Arafat vrnil v Gazo in prevzel vodenje palestinskih oblasti. Istega leta so Rabin, Arafat in izraelski zunanji minister Šimon Peres prejeli Nobelovo nagrado za mir. Leta 1995 sta Rabin in Arafat sklenila mirovni dogovor, kmalu zatem pa je Rabina ubil judovski skrajnež.

Arafata so na volitvah v Gazi in na Zahodnem bregu leta 1996 izbrali za palestinskega predsednika.

Druga intifada
Na pogajanjih z izraelskim premierjem Benjaminom Netanjahujem leta 1997 so Palestinci dosegli dogovor o delni predaji Hebrona, prihodnje leto pa dogovor o delnem izraelskem umiku z Zahodnega brega, vendar je Izrael dogovor zamrznil, saj naj bi Palestinci dogovor kršili.

Leta 1999 je Arafat z izraelskim premierjem Ehudom Barakom podpisal novi sporazum, po katerem naj bi do septembra 2000 sklenili mir, a so mirovna pogajanja ponovno propadla.

Potem ko je vodja izraelske desničarske stranke Ariel Šaron obiskal sveti muslimanski tempelj, so Palestinci začeli drugo intifado (splošno vstajo). Leta 2001 je bil za izraelskega premierja izvoljen prav Ariel Šaron.

Brez naslednika
Jaser Arafat ni želel oblasti deliti z nikomer, kar se je pokazalo, ko je na pritiske mednarodne javnosti za premierja moral imenovati Mahmuda Abasa. Ta je sodeloval kot glavni palestinski pogajalec pri izvajanju časovnega načrta bližnjevzhodne četverice (ZDA, EU, Rusija in ZN). Po tem načrtu naj bi oblast na zasedenih ozemljih do konca leta 2004 prešla na palestinske oblasti.

Ker Arafat ni hotel predati nadzora nad varnostnimi silami, ki naj bi zagotavljale izvajanje premirja, pa je Abas odstopil. Za novega premierja je Arafat imenoval svojega tesnega sodelavca Ahmeda Kureja.