Vipava je bila leta zelo onesnažena, kar je deloma popolnoma uničilo življenje v reki. Z namestitvijo komunalnih čistilnih naprav pa so se razmere zadnja leta počasi izboljšale. Letos je tako Vipava po dolgih letih tudi po strogih merilih agencije za okolje primerna za kopanje.

Pomembno je na okoljske razmere v reki vplivala tudi ureditev odpadnih izpustov iz podjetja Ekolat, nekdanje mlekarne. Izpusti iz podjetja so bili posebno problematični, saj vsebujejo veliko maščob, ki močno obremenjujejo ekosistem.

Kakovost vode odgovorni preverjajo na dveh merilnih mestih, in sicer pri Velikih Žabljah in pri Mirnu. Izboljšanje kakovosti vode v reki in z njo povezana turistična in izobraževalna ponudba je v središču pozornosti več občinskih projektov. V njihovem sklopu bodo izdelali tudi novo izobraževalno učno pot in novo brv čez reko pri Dornberku.