Kot prodekanja fakultete je Makovec Brenčičeva v letih od 2009 do 2013 prejela 26.094 evrov bruto (13.977 evrov neto) dodatka za stalno pripravljenost. Del zneska, 3.151 evrov neto, je vrnila, ko je v javnost prišla informacija, da je inšpektorat za javni sektor ugotovil, da so nekatere fakultete zaposlenim neupravičeno izplačevale omenjeni dodatek. Razliko med neto in bruto zneskom izplačila na podlagi regresnega zahtevka fakulteti sicer povrne finančna uprava.

Makovec Brenčičeva je bila tudi prejemnica preveč izplačanih sejnin na nacionalni agenciji za kakovost v visokem šolstvu, a je prepričana, da ji denarja ni treba vrniti, ker naj za to ne bi bilo podlage. Po podatkih Računskega sodišča je od aprila 2010 do aprila 2013 neupravičeno prejela okoli 19.000 evrov.

Računsko sodišče je pri reviziji tudi ugotovilo, da je Nakvis Makovec Brenčičevi v nasprotju s predpisi izplačal za 315 evrov potnih stroškov, ki pa jih je ministrica po izdaji poročila o reviziji leta 2014 vrnila.

Tako izplačevanje dodatka za stalno pripravljenost na fakultetah kot previsoke sejnine na Nakvisu preiskujeta policija in Komisija za preprečevanje korupcije.