Med vojno pa tudi aktivist v okviru OF-a, od leta 1942 je v uporu sodeloval tudi kot partizan. Po koncu vojne je deloval kot sodnik, politično pa se je znova aktiviral konec osemdesetih let. Po razpustitivi krščanskih socialistov leta 1943, ki jo je z Dolomitsko izjavo in pod pritiski komunistov dosegel Edvard Kocbek, se ni hotel vpisati v komunistično partijo. Zaradi te poteze je bil kot angleški vohun določen za likvidacijo, a je partizani niso želeli izvršiti.

Svojo 30-letno sodniško funkcijo je večinoma odslužil na Okrožnem sodišču v Ljubljani, leta 1976 pa je bil tudi aretiran zaradi članka, v katerem je zahteval obravnavo prikrivanih povojnih pobojev okrog 12.000 domobrancev. Izpustili so ga zaradi posredovanja mednarodnih medijev in organizacije Amnesty International.

Politična reaktivacija v času slovenske pomladi
Njegova politična reaktivacija se je začela leta 1989, ko je postal podpredsedik in eden izmed ustanoviteljev krščanskega socialnega gibanja, ki se je pozneje, ko je prevzel vodilno vlogo Lojze Peterle, preimenovalo v Slovenske krščanske demokrate. Miklavčič je iz te stranke izstopil leta 1994.

Leta 1995 je sodeloval pri ustanovitvi Krščansko socialne unije - krščanskih socialistov in ostal predsednik te stranke vse do svoje smrti. V tem času je postal tudi častni član Helsinškega monitorja Slovenije za človekove pravice.