Stanković je obtožen vojnih zločinov nad Muslimani v Foči leta 1992. Obtožnica ga v osmih točkah bremeni zasužnjevanja in posilstev muslimanskih žensk, vložena pa je bila leta 1996. Mednarodne sile so ga aretirale julija 2002 in ga izročile mednarodnemu sodišču.

Prenos primerov haaškega sodišča na državna sodišča je del strategije, s katero želi sodišče končati sojenja do leta 2010, kot je bilo predvideno ob ustanovitvi sodišča.