Rajić je decembra 1993 vodil napad na bošnjaško vas Stopni dol, v katerem je bilo ubitih 31 civilistov. Potem ko je priznal vpletenost v uboje, nečloveško ravnanje, prisvojitev tuje lastnine in njeno uničenje, je tožilstvo opustilo obtožbo še za šest drugih zločinov.

48-letnega poveljnika so hrvaške oblasti aretirale aprila leta 2003 in ga junija predale Mednarodnemu sodišču za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije.